بسیار به اشتباه گمان می‌کنند که اهدای سلول بنیادی خونساز همراه با درد زیاد است که در واقعیت این طور نیست. سختی و بازگشت به حالت اولیه در افراد مختلف متفاوت است. عوارض جانبی اهدا می‌تواند شامل درد در کمر و سر، احساس خستگی و کبودی باشد. این عوارض می‌تواند تا چند روز بعد از اهدا ادامه داشته باشد. بسیاری از اهداکنندگان می‌گویند که این کار ارزش نجات جان یک فرد را داشته است و دوباره نیز این کار را انجام خواهند داد.

بسیار تصور می‌کنند که تنها راه برای اهدای سلول‌های بنیادی از طریق جراحی است در صورتی که در حقیقت در بیش از ۹۰ درصد مواقع اهدا از طریق سلول‌های بنیادی موجود در خون محیطی صورت می‌گیرد که هیچگونه جراحی‌ای در آن دخیل نیست.

یک برداشت اشتباه این است که اهدای سلول بنیادی برای اهداکننده خطرناک است. حقیقت این است که اهدای سلول بنیادی بسیار کم خطر است. تمامی فاکتورهای با اهمیت در فرآیند اهدا پیش از اجرای فرآیند در اهداکنندگان بررسی می‌گردد تا اطمینان حاصل گردد این فرآیند برای آن‌ها بی‌خطر است. عارضه‌ی جانبی طولانی مدت برای اهدا کننده بسیار بسیار نادر است. قدرت سیستم ایمنی بدن اهداکننده بالا می‌ماند (تنها کمتر از ۱ تا ۵ درصد از سلول بنیادی شما نیاز است) و در طی ۴ تا ۶ هفته سلول‌های بنیادی خون دوباره کاملا بازسازی می‌گردند.

تمامی اطلاعات شما شامل تایپ ژنتیکی و نمونه‌ی داده شده با یک کد مخصوص به شما مشخص می‌شود که کاملا مجزا از اطلاعات شخصی شما نگه‌داری می‌شود و اطلاعات شخصی شما در دسترس هیچ شرکت یا ارگانی غیر از مجموعه بانک سلول‌های بنیادی خونساز ایران قرار نخواهد گرفت.

از آنجایی که تایپ ژنتیکی وراًثتی است، احتمال انطباق بین بیماران و اهداکنندگان از یک پیشینه‌ی نژادی بیشتر است. اضافه شدن افراد بیشتر در مراکز مختلف سبب خواهد شد که تنوع نژادی در بانک اهداکنندگان بیشتر شود. در نتیجه به بیماران بیشتری کمک خواهد شد تا اهداکننده‌ی منطبق خود را پیدا کنند.